Ministeren for grøn trepart kan fastsætte regler om gebyrer til hel eller delvis dækning af myndighedernes omkostninger ved administration og tilsyn i forbindelse med loven. Reglerne om gebyrer kan omfatte omkostninger ved administration og tilsyn med tilladelse til at anvende mere end 170 kg kvælstof fra organisk gødning pr. hektar. Reglerne om gebyrer kan endvidere omfatte omkostninger ved administration og godkendelse af teknologier til husdyrproduktion, som har en dokumenteret miljøeffekt.
Stk. 2 Ministeren kan fastsætte regler om, at der skal betales rente ved manglende eller for sen betaling af gebyrer opkrævet i henhold til denne lov. Forrentningen sker fra forfaldsdagen for gebyret. Gebyret forrentes med 1,3 pct. månedlig rente for hver påbegyndt måned fra den 1. i den måned, i hvilken gebyret skal betales, dog mindst 50 kr.